У 1889 годзе ў бацькі Генрыка выявіліся прыкметы душэўнай хваробы. Цяпер даводзілася час ад часу змяшчаць бацьку ў спецыяльныя клінікі. Яго ўтрыманне ў клініках каштавала дорага, і з часам сям'я апынулася ў цяжкім матэрыяльным становішчы. З пятага класа (15-16 гадоў) Генрык пачаў падзарабляць рэпетытарствам.
У 1898 годзе Корчак паступіў на медыцынскі факультэт Варшаўскага ўніверсітэта, адначасова навучаючыся на падпольных вышэйшых курсах. Улетку 1899 году ён ездзіў у Швейцарыю, каб бліжэй пазнаёміцца з вынікамі педагагічнай дзейнасці Песталоцы. У сваёй паездцы Корчак асабліва цікавіўся школамі і дзіцячымі бальніцамі.
У 1903—1911 працаваў у габрэйскай дзіцячай бальніцы імя Берсана і Баўман і выхавальнікам у летніх дзіцячых лагерах. Быў сябрам габрэйскага дабрачыннага Таварыства дапамогі сіротам.
23 сакавіка 1905 атрымаў дыплом доктара. У якасці ваеннага лекара браў удзел у Руска-японскай вайне.
У 1907 годзе Корчак на год едзе ў Берлін, дзе за свае грошы слухае лекцыі і праходзіць практыку ў дзіцячых клініках, знаёміцца з рознымі выхаваўчымі ўстановамі. Ён таксама праходзіць стажыроўку ў Францыі, наведвае дзіцячы прытулак у Англіі.
Друкавацца Корчак пачаў у 18 гадоў, у 1898 годзе ўзяў псеўданім. Яго аповесці для дарослых і дзяцей “Дзеці вуліцы” (Dzieci ulicy, 1901), “Дзіця гасцёўні” (Dziecko salonu, 1904—1905), “Моські, Ёські і Срулі” (Mośki, Joski i Srule, 1910), “Кароль Мацюсь Першы” (Król Maciuś Pierwszy, 1923) і іншыя, навелы, гутаркі, артыкулы і дзённік 1942 году ўводзяць чытача ў складаны свет дзіцячай псіхалогіі, змяшчаюць назіранні за жыццём Польшчы 1900—1942 гадоў, адлюстроўваюць досвед педагога.
У 1911 годзе Корчак пакідае прафесію доктара і засноўвае Дом сірот для габрэйскіх дзяцей у доме №92 на вуліцы Крухмальнай, якім кіраваў (з перапынкам у 1914—1918 гадах) да канца жыцця. Ад філантропаў, што падтрымлівалі яго ўстанову, Корчак запатрабаваў поўнай незалежнасці ў адміністрацыйнай і выхаваўчай дзейнасці.
У 1914—1918 гадах Корчак знаходзіўся ў Кіеве, дзе працаваў як ваенны доктар і займаўся ўпарадкаваннем дзіцячага дому для польскіх дзяцей, а таксама напісаў кнігу “Як любіць дзіця” (Jak kochać dziecko).
Корчак вяртаецца ў Варшаву ў 1918 годзе, дзе кіруе дзіцячым прытулкам, выкладае, супрацоўнічае з часопісамі, выступае па радыё, чытае лекцыі ў Свабодным польскім універсітэце і на Вышэйшых габрэйскіх педагагічных курсах.
У 1919—1936 гадах ён бярэ ўдзел у працы інтэрната “Наш дом” (на Бялянах) — дзіцячага дому для польскіх дзяцей, — дзе таксама выкарыстоўваў наватарскія педагагічныя методыкі.
У 1926—1932 Корчак рэдагаваў штотыднёвік “Малы агляд” (Mały Przegląd), дадатак для дзяцей да газеты “Наш агляд” (Nasz Przegląd), у якім актыўна ўдзельнічалі яго выхаванцы.
З прыходам Гітлера да ўлады ў Германіі і ростам антысемітызму ў Польшчы ў Корчаку абудзілася габрэйскія самасвядомасць. Ён зрабіўся польскім прадстаўніком у Габрэйскім агенцтве. У 1934 і 1936 гадах ён наведаў Палестыну, дзе сустрэў многіх былых сваіх выхаванцаў.
У 1940 годзе разам з выхаванцамі Дому сірот Корчак быў перамешчаны ў Варшаўскае гета. Ён адхіліў усе прапановы негабрэяў — прыхільнікаў яго таленту вывесці яго з гета і схаваць на “арыйскім” баку. У гэты перыяд Корчак быў арыштаваны, некалькі месяцаў правёў у турме. Вызвалены па хадайніцтве правакатара А. Ганцвайха, які такім чынам хацеў зарабіць аўтарытэт сярод габрэяў.
У гета Корчак аддаваў усе сілы клопату пра дзяцей, здабываючы для іх ежу і медыкаменты. Выхаванцы Корчака вывучалі іўрыт і асновы юдаізму. За некалькі тыдняў да Песаха ў 1942 годзе Корчак правёў таемную цырымонію на габрэйскіх могілках: трымаючы Пяцікніжжа ў руках, узяў з дзяцей клятву быць добрымі габрэямі і сумленнымі людзьмі.
Калі ў жніўні 1942 прыйшоў загад аб дэпартацыі Дому сірот, Корчак пайшоў разам са сваёй памочніцай і сябрам Стэфаніяй Вільчыньскай (1886—1942), іншымі выхавальнікамі і прыкладна 200 дзецьмі на станцыю, адкуль іх у таварных вагонах адправілі ў Трэблінку. Ён адмовіўся ад прапанаванай у апошнюю хвіліну свабоды і палічыў за лепшае застацца з дзецьмі, 6 жніўня прыняўшы з імі смерць у газавай камеры.
Кожны год 23 сакавіка ў Польшчы і Беларусі ў паветра запускаецца паветраны змей у памяць пра Януша Корчака і дзяцей, забітых у гета.
