Сумненні ў выдавецтва ўзніклі ў студзені, калі высветлілася, што адзін з дзейных персанажаў, які дапамагаў Пелегрына аднавіць карціну бамбардзіроўкі, Ёзэф Фуока, борт-інжынер аднаго з двух самалётаў, якія суправаджалі бамбавік да Хірасімы, быў самазванцам. Пасля яго смерці ў 2008 г. ва ўзросце 84 гадоў Фуока быў дыскрэдытаваны сям'ёй гэтага інжынера, гісторыкамі, навукоўцамі і яго баявымі таварышамі.

Тады аўтар "Апошняга цягніка з Хірасімы" прызнаў сваю памылку, паабяцаўшы выправіць тэкст кнігі ў наступных выданнях.

Пасля гэтага інцыдэнту ў кіраўніка выдавецтва сталі узнікаць усё новыя і новыя пытанні, на якія ён не мог атрымаць ад Пелегрына ўцямных адказаў. Па словах прадстаўніка выдавецтва Ніколь Дзюэль (Nicole Dewey), супрацоўнікі, якія займаліся публікацыяй кнігі, сталі цікавіцца, ці існуюць насамрэч два святары - айцец МакКвіці і айцец Маціас, чые словы прыводзяцца на старонках выдання, таксама ў іх з'явіліся сумненні з нагоды сапраўднасці яго доктарскага звання.

Згодна афіцыйнай заяве прэзідэнта выдавецтва Henry Holt Стэфана Рубіна (Stephen Rubin), якое было апублікавана 1 сакавіка, яны "былі вымушаныя прыпыніць друк тыражу і спыніць продаж кнігі, пакуль не будуць высветленыя ўсе падрабязнасці".

У тэлефоннай гутарцы Пелегрына заявіў, што ён можа прадставіць дакументы, якія пацвярджаюць факт існавання айца МакКвіці, і што ў кнізе ён проста забыўся ўказаць, што ўсе імёны выдуманыя, паколькі ён хацеў "абараніць святароў".

Таксама збіты з тропу і супрацоўнікі універсітэта Вікторыя (Victoria University) у новазеландскім горадзе Велінгтан, бо менавіта гэты універсітэт быў указаны аўтарам кнігі на старонцы свайго асабістага сайта як месца, дзе ён абараніў у 1982 г. доктарскую па тэорыі эвалюцыі. Прадстаўнік Універсітэта Барбара Марыат ў адказе на электронны ліст выдавецтва паведаміла, што нікога, падобнага на Пелегрына, у спісе людзей, якія атрымалі ступень доктара ў іх універсітэце, няма.

Сітуацыю, якая склалася з кнігай "Апошні цягнік з Хірасімы. Успаміны тых, хто выжыў" пакуль ніяк не пракаментаваў толькі Джэймс Кэмеран, які планаваў зняць шасцігадзінны фільм пра атамныя бамбаванні Хірасімы і Нагасакі. У пачатку студзеня вядомы рэжысёр набыў правы на экранізацыю і заручыўся падтрымкай аўтара.

Ніякіх падрабязнасцяў новай карціны Пелегрына тады не раскрыў, сказаўшы толькі, што фільм будзе дакументальным. Але і гэтага больш чым дастаткова: трагічная гісторыя амерыканскіх бамбаванняў Хірасімы і Нагасакі (лічыцца, што ахвярамі ўдараў сталі больш за 200 тысяч чалавек), расказаная майстрам спецэфектаў Кэмеранам ў фармаце дакументальнай гісторыі, несумненна, будзе мець гарантаваны поспех.

У кнізе распавядаецца пра лёс трыццаці японцаў, якія перажылі ядзерны ўдар па Хірасіме, уцяклі ў Нагасакі і зноў перажылі там жахі ядзернай бамбёжкі. Адным з герояў "Апошняга цягнікі з Хірасімы" стаў рэальны чалавек - Цутому Ямагуці, з якім Кэмеран паспеў паразмаўляць незадоўга да яго смерці.

Ямагуці быў адзіным у свеце чалавекам, якога японскі ўрад афіцыйна прызнаў прысутным у абодвух гарадах падчас атамных выбухаў. Яго гісторыя такая: у дзень, калі амэрыканскі бамбавік скінуў на Хірасіму бомбу, Ямагуці знаходзіўся ў горадзе па працоўных справах. Атрымаўшы цяжкія апёкі, бізнэсмэн правёў у Хірасіме ноч, а затым вярнуўся ў свой родны Нагасакі, які праз тры дні таксама падпаў пад атамную бамбардзіроўку авіяцыяй ЗША.