Крысціян Маргенштэрн нарадзіўся 6 траўня 1871 году ў сям’і мастакоў. Вядомым нямецкім жывапісцам быў дзед хлопчыка, таксама Крысціян Маргенштэрн; мастакамі-пейзажыстамі былі і яго бацька, Карл Эрнст Маргенштэрн, і дзед па маці. У 1881 годзе ад сухотаў памерла маці Крысціяна, Шарлота Маргенштэрн (у дзявоцтве Шэртэль). Неўзабаве пасля гэтага хлопчыка адправілі ў Гамбург да хроснага, гандляра прадметамі мастацтва Арнольда Ота Меера. Праз год хлопчык вярнуўся ў Мюнхен і пачаў навучанне ў інтэрнаце ў Ландсхуце, дзе для падтрымання дысцыпліны выкарыстоўваліся цялесныя пакаранні.
У 1883 годзе бацька Крысціяна ажаніўся ў другі раз, з Амаліяй фон Дал-Армі, і разам з жонкай і Крысціянам з’ехаў у Брэслаў (цяпер Уроцлаў), дзе атрымаў месца ў Каралеўскай акадэміі мастацтваў. Будучы пісьменнік паступіў у гімназію Марыі Магдаліны, дзе ва ўзросце 16 гадоў напісаў першыя творы — трагедыю “Аляксандр Балгарскі” і апісанне мінералаў “Mineralogia popularis” (“Папулярная мінералогія”). Абодва гэтыя творы не захаваліся. Тут Маргенштэрн захапіўся філасофіяй Шапэнгаўэра. Ва ўзросце 18 гадоў ён пазнаёміўся з Фрыдрыхам Кайслерам і Фрыцам Бебла; абодва яны на ўсё жыццё зробяцца сябрамі пісьменніка. Восенню 1889 году Маргенштэрн паступіў у вайсковую вучэльню: бацька марыў, каб сын зрабіў кар’еру афіцэра. Праз паўгоду юнак кінуў вучэльню і працягнуў навучанне ў гімназіі горада Зораў (цяпер Жары). Тут ён разам з сябрамі пачаў выпускаць часопіс Deutscher Geist, дэвізам якога зрабіліся словы Олівера Кромвеля: “Далей за ўсіх пойдзе той, хто не ведае, куды ён ідзе”. У 1893 годзе Маргенштэрн арганізаваў гумарыстычнае таварыства “Сансара”. Паступіўшы ва ўніверсітэт Брэслава на факультэт гаспадаркі і эканомікі, Крысціян разам з Кайслерам летам з’ехаў у Мюнхен, аднак праз абвастрэнне туберкулёзу быў вымушаны пакінуць горад і паехаць на лячэнне на воды. Па вяртанні ў Брэслаў Крысціян даведаўся пра развод бацькі, пасля чаго зноў з’ехаў на лячэнне. Далейшае навучанне ва ўніверсітэце было для Маргенштэрна немагчымае, і сябры прапанавалі яму фінансавую дапамогу для лячэння ў Давосе, а прафесар Дан узяўся аплаціць выдаткі за навучанне Крысціяна да атрымання ім дыплома. Аднак абедзе прапановы адхіліў бацька Крысціяна, пасля чаго Маргенштэрн вырашыў зрабіцца прафесійным пісьменнікам. Пасля хуткай трэцяй жаніцьбы бацькі стасункі паміж імі надоўга спыніліся.
У красавіку 1894 году Маргенштэрн пераехаў у Берлін, дзе паспрабаваў прымірыцца з бацькам і дзе атрымаў месца ў Берлінскай нацыянальнай галерэі. Тут ён пазнаёміўся з працамі Фрыдрыха Ніцшэ і Поля Лагарда, пачаў супрацоўнічаць з часопісамі і газетамі (Tägliche Rundschau, Freie Bühne, Der Kunstwart, Der Zuschauer). У 1895 годзе пабачыла свет першая кніга Маргенштэрна — зборнік паэзіі “У палацы фантазіі” (In Phanta’s Schloß). У той час пісьменнік шмат падарожнічаў: хадзіў пад ветразем па возеры Мюгельзе, наведаў Гельгаланд, Зільт і Зальцбург. Летам 1897 году ён, выконваючы замову, пераклаў з французскай мовы аўтабіяграфічны раман Аўгуста Стрындберга “Inferno”, а ў кастрычніку 1897 году падпісаў кантракт з выдавецтвам Самуэля Фішэра на пераклад твораў Генрыка Ібсэна, нягледзячы на тое, што на той момант нарвежскай мовы не ведаў. З траўня 1898 па восень 1899 году Маргенштэрн жыў у Нарвегіі і вывучаў мову. У гэты час ён неаднаразова сустракаўся з Ібсэнам.
У 1900 годзе пісьменніку давялося з’ехаць на лячэнне ў Давос; у гэты ж час ён наведаў Цюрых, Арозу, Мілан, Партафіна, Гайдэльберг і Фларэнцыю. У снежні 1902 году ён выправіўся ў Рым і ў траўні 1903 году вярнуўся ў Берлін. У гэты перыяд ён займаўся перакладамі з Кнута Гамсуна і Б’ёрнстернэ Б’ёрнсана. У 1903—1905 гадах Маргенштэрн па-ранейшаму перыядычна праходзіў лячэнне і аздараўленчыя мерапрыемствы, не заўсёды паспяховыя. У 1905 годзе выйшлі “Песні шыбеніка” (Galgenlieder), у гэты ж час пісьменнік пазнаёміўся з творчасцю Фёдара Дастаеўскага. У наступным годзе Маргенштэрн з’ехаў на лячэнне ў горы, дзе вывучаў філасофію: працы Фіхтэ, Гегеля, Спінозы, Бёмэ, Фехнэра, Талстога.
У ліпені 1908 году на курорце Маргенштэрн пазнаёміўся са сваёй будучай жонкай, Маргарытай Газебрух фон Ліхтэнштэрн, у якой таксама былі хворыя лёгкія. Пасля ад’езду Маргарыты паміж закаханымі пачалося ліставанне. Калі ў кастрычніку яна зноў захварэла, Крысціян наведаў яе ў Фрайбургу. Аднак у сувязі з тым, што знаходжанне старонняга мужчыны ў доме хворай супярэчыла грамадскай маралі, Маргенштэрн неўзабаве быў вымушаны ад’ехаць у Страсбург. У лістападзе 1908 году Маргарыта, а за ёй і Крысціян, прыехалі ў Берлін.
У студзені 1909 году Маргенштэрн пазнаёміўся ў Берліне з тэасофам і містыкам Рудальфам Штайнэрам. Каб слухаць яго лекцыі, Маргенштэрн суправаджаў Штайнэра ў яго паездках у Дзюсельдорф, Касэль, Мюнхен і Осла. У траўні 1909 году ён, услед за Маргарытай, увайшоў у створаную Штайнерам Нямецкую секцыю Тэасофскай суполкі. Пасля расколу гэтай арганізацыі ў 1912—1913 гадах Маргенштэрн разам са Штайнэрам удзельнічаў у працы Антрапасофскай суполкі. У 1909 годзе ён працягваў перакладаць Гамсуна, наведаў тэасофскі кангрэс у Будапешце, з’ездзіў да бацькі ў Вальфсхаў і выправіўся з Маргарытай у падарожжа па Шварцвальдзе. Там Маргенштэрн захварэў на бранхіт, ускладнены шматлікімі паездкамі. Па выздараўленні Крысціян і Маргарыта абвянчаліся 7 сакавіка 1910 году.
З траўня па жнівень 1910 году пісьменнік знаходзіўся на курорце ў Бад Дзюрэнштайне, у даламітавых Альпах. Пасля паездкі ў Мюнхен у кастрычніку гэтага ж году Маргенштэрн здзейсніў вялікае падарожжа па Італіі, наведаў Верону, Мілан, Геную, Палерма. Апошнім пунктам гэтай паездкі была Сіцылія. Маргенштэрн і яго жонка разлічвалі правесці там не менш за паўгоду, аднак неўзабаве Крысціян зноў цяжка захварэў і быў вымушаны ў лютым 1911 году легчы ў Нямецкі шпіталь у Рыме, а затым ехаць ў лясны санаторый у Арозе. Тут ён сустрэў свайго бацьку і маці Маргарыты, якая доўгі час была незадаволеная шлюбам дачкі, і толькі цяпер яны змаглі памірыцца. Пасля некалькіх месяцаў лячэння Маргенштэрн пакінуў санаторый і пасяліўся з жонкай у Арозу. У 1912 годзе пісьменнік атрымаў дапамогу ў памеры 1000 марак ад Фонду нямецкіх пісьменнікаў і пераехаў у Давос. Пасля, па-ранейшаму хворы, ён пакінуў санаторый і разам з Маргарытай пераехаў у Цюрых, дзе ў кастрычніку сустрэўся са Штайнэрам. Затым вярнуўся ў Арозу і склаў зварот, у якім прапанаваў Штайнэра як кандыдата на Нобелеўскую прэмію. Зварот адпраўлены не быў.
У пачатку 1913 году Маргенштэрн з’ехаў у Партафіна, дзе заняўся перакладамі вершаў Фрыдрыха Вялікага (з французскай мовы) і пазнаёміўся з таксама хворым антрапасофам Міхаэлем Баўэрам. У 1914 годзе стан здароўя пісьменніка рэзка пагоршыўся. Паездка ў санаторый у Арка блізу Трэнта была беспаспяховай, бо там адмовіліся прыняць пісьменніка, які амаль паміраў. Хутка Маргенштэрн апынуўся на віле Геліябург у Мерана, дзе працягнуў працаваць над зборнікам “Мы знойдзем наш шлях” (Wir fanden Einen Pfad). Яго наведаў Баўэр, якому Маргенштэрн перад гэтым напісаў ліст. 31 сакавіка 1914 году, каля пяці гадзінаў раніцы, Маргенштэрн памёр. 4 красавіка ў Базэлі яго цела крэміравалі, урну з прахам прыняў Штайнэр. Пасля смерці паэта яго ўдава перапрацавала, дапоўніла і выпусціла ў свет многія творы Маргенштэрна, раней малавядомыя або наогул невядомыя шырокай публіцы.
