Нарадзіўся ў 1935 годзе ў Левачы (Славакія). З 1953 вучыўся ў Педагагічнай вучэльні ў Кошыцах, але на другім курсе перайшоў на медыцынскі факультэт Універсітэта Паўла Ёзэфа Шафарыка ў Кошыцах. Па заканчэнні ўніверсітэта працаваў лекарам у Кромпахах, Спішскім Грушаве, з 1980 да 1984 быў дырэктарам лякарні ў Спішскай Новай Весі. Жыве ў Левачы.
Свае першыя апавяданні Ян Мілчак апублікаваў у часопісе “Маладая творчасць” (Mladá tvorba), выдаваным Саюзам славацкіх пісьменнікаў, а пазней і ў іншых перыядычных выданнях. Ужо ў 1970-х пісьменнік быў вядомы як аўтар радыёп’ес для дарослых і моладзі, а таксама дзіцячых казак. Акрамя таго, Мілчак піша тэатральныя п’есы і кароткую прозу для дарослых.
Аўтар кніг “Дзевяць апавяданняў” (Deväť poviedok, 1978), “Rosa canina” (1995), некалькіх дзясяткаў драматычных твораў, сярод якіх “Майстар” (Majster, 1974), “Хлеб і соль для пеўня” (Chlieb a soľ pre kohúta, 1976), “Музыкі” (Hudci, 1983), “Казка пра дрэва” (Rozprávka o strome, 1984), “Права на жыццё” (Právo na život, 1992), “Варона Фларэнцянка” (Vrana Florenťanka, 1993), “Жабракі” (Žobráci, 1995), “Хлопец Сімеон” (Chlapec Simeon, 2000), “Клетка” (Klietka, 2006), “Палатно” (Plátno, 2007) і іншых, а таксама дзіцячых кніг “З чатырох торбачак” (Zo štyroch kapsičiek, 1988), “Казка пра Мар’янку” (Rozprávka o Marianke, 1990), “Хлопчык Лампашык” (Chlapec Lampášik, 1996), “Зузанка і пан Одзіла” (Zuzanka a pán Odilo, 2004), “Казачны цягнічок” (Rozprávkový vláčik, 2008), “Вадзянік Каламбус і чорцік Бубула” (Vodník Kalambus a čertík Bubulo, 2009), “Якуб з вялікімі вушамі” (Jakub s veľkými ušami, 2010), “Трынаццаты пакой” (Trinásta komnata, 2011).
Паводле Маркеты Андрычыкавай, творам Яна Мілчака ўласцівая філасофска-сімвалічная арганізацыя тэкстаў. “Трынаццаты пакой”, гэтаксама як і іншыя дзіцячыя кнігі аўтара, — гэта чароўная феерыя, дзе не існуе межаў паміж рэальным і фантастычным. Рэчаіснасць выступае часта як набор фантастычных з’яваў, і, наадварот, у фантастычным свеце з’яўляюцца рэальныя сітуацыі ці персанажы. Казачны свет Яна Мілчака напоўнены фарбамі і мелодыямі, у ім граюць старадаўнія музычныя інструменты, спяваюць птушкі і людзі — дарослыя і дзеці, рэчаіснасць і сон пераплятаюцца.