Пісьменнік нарадзіўся 26 снежня 1891 году ў Нью-Ёрку, у Ёрквільскай акрузе Манхэтэна, у сям’і нямецкіх эмігрантаў Генры Мілера і Луізы Ніцінг. Яго бацька валодаў атэлье мужчынскага адзення, таму сям’я жыла ў дастатку. Малодшая сястра Генры — Ларэта — пакутавала на прыроджаную разумовую непаўнавартаснасць, і пасля смерці бацькоў Генры-малодшы ўзяў на сябе ўсе клопаты пра яе.
Дзяцінства пісьменніка прайшло ў стракатым эмігранцкім Брукліне. Пасля школы Генры спрабаваў паступіць ва ўніверсітэт, але праваліўся. Ён прайшоў толькі няпоўны курс гісторыі мастацтваў у Нью-Ёркскім гарадскім каледжы. У Нью-Ёрку Генры Мілер пазнаёміўся і пачаў жыць з жанчынай, на пятнаццаць гадоў старэйшай за яго. Гэта быў першы досвед сумеснага жыцця, які скончыўся ўцёкамі ў Каліфорнію, дзе будучы пісьменнік працаваў на цытрусавых плантацыях. У Каліфорніі Мілер трапіў на лекцыю Эмы Гольдман, якая адкрыла яму ідэалізм Пятра Крапоткіна, Ніцшэ, пра якога Генры напісаў сваё першае (неапублікаванае) эсэ.
Пасля лекцыяў Гольдман Мілер вярнуўся ў Нью-Ёрк і пачаў працаваць памочнікам у майстэрні бацькі. У той час Мілер меў цьмяныя надзеі зрабіцца піяністам, але літаратура і філасофія гралі ў яго жыцці ўсё большую ролю.
Летам 1917 году, хаваючыся ад ваеннай службы, дваццаціпяцігадовы Мілер уступіў у шлюб з Беатрыс Сільвас Ўікенз. Неўзабаве ў іх нарадзілася дачка Барбара. Беатрыс была прафесійнай піяністкай, але кар’ера яе не склалася. Яна давала ўрокі музыкі, да чаго неўзабаве далучыўся і Мілер. Неабходнасць утрымліваць сям’ю прымусіла Мілера шукаць сталую працу. Хутка ён атрымаў месца кіраўніка па найме ў “Космадэманічнай” тэлеграфнай кампаніі, дзе ён прапрацаваў да восені 1924 году.
Між тым шлюб Мілера развальваўся. У канцы лета 1924 Генры пазнаёміўся з Джун Эдыт Сміт, якая пазней зрабілася яго другой жонкай і “энергетычным суаўтарам” усяго, што ён напісаў. Джун цалкам змяніла яго жыццё. Яна настаяла на тым, каб Мілер кінуў працу “ад званка да званка” і цалкам прысвяціў сябе літаратуры.
Генры і Джун былі заўсёднікамі гарбатняў, дзе вяліся дыскусіі пра псіхааналіз, сэксуальную свабоду і гомасэксуальнасць. У 1926 годзе ў Джун пачынаецца раман з Джын Кронскі, вядомай у багемных колах пад імем Мары. Мара пасяляецца ў Мілера. Той у пытаннях сэксу быў кансерватыўны і з цяжкасцю пераносіў усё, што адбывалася ў яго дома. У выніку Мара і Джун таемна з’ехалі ў Парыж. Мілер браў у Мары ўрокі жывапісу і, застаўшыся адзін, пачаў пісаць карціны. У Нью-Ёрк Джун вярнулася без Мары і зноў змяніла жыццё Мілера. У яе з’явіўся багаты прыхільнік, што пагадзіўся фінансаваць кнігі Мілера, якія Джун выдавала за свае. Мілер напісаў сваю першую кнігу “Малох” (Moloch or, This Gentile World, 1927), аддаўшы суаўтарства Джун. На заробленыя грошы Мілеры з’язджаюць у Квебек і Манрэаль. Па вяртанні ў Нью-Ёрк у 1929 годзе Мілер пачаў пісаць раман “Адурэлы певень” і на патрабаванне Джун паехаў заканчваць яго ў Парыж.
Першы час у Парыжы Мілер жыў у дарагіх гатэлях, аднак грошы хутка скончыліся, пісьменнік спрабаваў знайсці крыніцу даходу, але дарэмна. Калі Мілеру стала няма чым плаціць за гатэлі, ён быў вымушаны правесці некалькі начэй у офісе дырэктара аднаго з кінатэатраў у кампаніі гандляра жэмчугам Нанаваці (Нанэнціці ў “Тропіку Рака”). Паступова Генры пачаў абрастаць знаёмымі. Аўстрыйскі пісьменнік Альфрэд Пэрле зрабіўся адным з найбліжэйшых сяброў Мілера да канца жыцця. Улетку 1931 году Мілер знайшоў сабе прытулак на Віле Сера ў пісьменніка Майкла Фрэнкеля. Туды ненадоўга прыязджала Джун, але ў той час яна таксама была без грошай.
Мілер кожны дзень падоўгу гуляў па Парыжы. У далейшым гэтыя шпацыры ператварыліся ў замалёўкі горада, якімі багаты “Тропік Рака”.
Праз год пасля саракагадовага юбілею пісьменніка адбываецца падзея, якая паклала пачатак разрыву паміж Мілерам і Джун, — знаёмства першага з экзатычнай Анаіс Нін, дачкой гішпанскага кампазітара Хаакіна Нін-і-Кастэльянаса і дацкай спявачкі Розы Кульмель. Знаёмствам гэтым Мілер і Анаіс абавязаныя свайму агульнаму прыяцелю Рычарду Осбарну, які паказаў Анаіс гатовыя часткі “Тропіка Рака”. Джун ездзіла
паміж Нью-Ёркам і Парыжам і спрабавала пераканаць Мілера вярнуцца ў Амерыку, але той адмаўляўся. У гэты час яму даводзілася працаваць рэпетытарам у ліцэі ў Дыжоне. Замест платы ён атрымліваў права бясплатна жыць у пансіёне. Пачаткам рамана Мілера і Анаіс зрабілася іх ліставанне “дыжонскага” перыяду. У ім выявілася іх агульная цяга да “духоўнага эксгібіцыянізму”. Мілер скардзіўся Нін на вульгарнасць Джун, якая заўсёды заставалася для яго дзяўчынай “пралетарскага паходжання”. Анаіс пазнаёміла яго з творамі Дэвіда Лоўрэнса, з псіхааналізам у цэлым, а таксама з вядомымі псіхааналітыкамі. Яна выдала мілераўскі раман “Тропік Рака” на грошы аўстрыйскага псіхааналітыка Ота Ранка. Пад яе ўплывам Мілер пачаў пастаянна рабіць запісы таго, што мог успомніць пра сваё дзяцінства. Усё гэта легла ў аснову яго літаратурнага аўтапартрэта — “Чорнай вясны”. Аб’ядноўвала іх і агульная цікавасць да астралогіі.
Да канца году Мілер канчаткова парваў з Джун, што стала для яе сапраўднай трагедыяй. Грошы Анаіс пазбавілі Генры матэрыяльных праблем, і ў 1932 годзе ён цалкам прысвяціў сябе працы над “Тропікам Рака”. Раман выйшаў у свет у 1934 годзе з прадмовай Анаіс.
У 1940 годзе Мілер вярнуўся ў ЗША і пасяліўся ў маляўнічым, тады яшчэ зусім не папулярным сярод турыстаў мястэчку пад назвай Біг-Сур. Тут Мілер напісаў шмат карцін, а таксама аўтабіяграфічны раман “Біг-Сур і апельсіны Гераніма Босха” (Big Sur and the Oranges of Hieronymus Bosch, 1957), дзе падрабязна расказаў у тым ліку пра сваё жыццё ў Біг-Суры і пра сустрэчы з творчымі людзьмі, якія насяляюць або наведваюць гэтае месца. Цяпер у Біг-Суры размешчаны дом-музей пісьменніка.
Генры Мілер памёр 7 чэрвеня 1980 году ва ўзросце 88 гадоў ад сардэчнай недастатковасці. Яго прах пасля крэмацыі быў развеяны ў Біг-Суры.
