Нарадзіўся 19 траўня 1890 году ў Лісабоне ў заможнай сям’і. Маці хлопчыка памерла, калі яму было 2 гады, і бацька аддаў сына на выхаванне дзядулю і бабулі ў маёнтак Вікторыя на ўскрайку Лісабона, дзе Марыю правёў большую частку свайго дзяцінства.
Першыя вершы пачынае пісаць у 12 гадоў, у 15 перакладае Віктора Гюго, у 16 – Гётэ і Шылера. Удзельнічае ў школьных літаратурных выданнях, піша п’есу “Сяброўства” разам са школьным сябрам, самазабойства якога правакуе ў Марыю першы глыбокі эмацыянальны крызіс.
У 1912 г. Марыю па просьбе бацькі паступае на юрыдычны факультэт Каімбрскага універсітэта, дзе знаёміцца з будучым найлепшым сябрам і паплечнікам – паэтам Фэрнанду Пэсоа. Але, расчараваўшыся ў “горадзе студэнтаў”, у тым жа годзе пераводзіцца ў Сарбонскі універсітэт і перад ад’ездам выдае свой першы зборнік апавяданняў “Пачатак”, які крытычна ўспрымаецца ў літаратурных колах Партугаліі.
У Парыжы Карнэйру канчаткова пакідае спробы заняцца вывучэннем юрыспрудэнцыі і з галавой кідаецца ў літаратурны і мастацкі вір апошніх дзён belle époque, захапляецца паэтыкай кубізму і футурызму, ідэяй яе ўвасаблення ў Партугаліі.
У 1913 г. па вяртанні ў Лісабон выдае зборнік вершаў “Рассейванне” (Dispersão) і кароткі раман “Прызнанне Лусіа” (A Confissão de Lúcio), разам з Пэсоа і іншымі аднадумцамі пачынае працу над часопісам авангарду “Арфей”, два нумары якога выйшлі з друку ў 1915 годзе і адразу выклікалі скандал і абурэнне ў кансерватыўных інтэлектуальных колах Лісабона і сталіся рэвалюцыяй у партугальскай паэзіі. Выходзіць з друку зборнік кароткіх апавяданняў “Неба ў агні” (Céu em Fogo).
У тым жа годзе Марыю таемна вяртаецца ў Парыж, але, пазбаўлены фінансавай падтрымкі з боку бацькі, хутка даходзіць да паўгалоднага існавання. Стан яго псіхічнага здароўя пачынае рэзка пагаршацца, паэт перажывае глыбокую дэпрэсію. Вершы гэтага перыяду і лісты да Ф. Пэсоа поўныя змрочных выказванняў пра смерць і самазабойства. 26 красавіка 1916 г. у гатэлі “Ніца” у раёне Манмартр Карнэйру заканчвае жыццё самагубствам, даслаўшы перад рашучым крокам свае неапублікаваныя вершы Фэрнанду Пэсоа, якія пабачаць свет у 1937 годзе пад назвай “Залатыя знакі” (Indícios de Oiro).
Творы:
“Пачатак” (Princípio), зборнік апавяданняў,1912;
“Рассейванне” (Dispersão), вершы, 1914;
“Прызнанне Лусіа” (A Confissão de Lúcio), кароткі раман, 1914;
“Неба ў агні” (Céu em Fogo), кароткія апавяданні, 1915;
“Залатыя знакі” (Indícios de Oiro), 1937;
“Вершы” (Poesias), 1946;
“Вершы юнацтва” (Poemas juvenis), 1903/1908, 1986;
“Лісты да Фэрнанду Пэсоа” (Cartas a Fernando Pessoa), 1958/59.
