Нарадзіўся ў 1977 годзе ў вёсцы Свяцілавічы Веткаўскага раёна. Скончыў гомельскую сярэднюю школу № 49 з паглыбленым вывучэннем нямецкай мовы, гістарычны факультэт Гомельскага дзяржаўнага ўніверсітэта (1999), служыў у войску. Працуе настаўнікам у Гомелі.
Сур’ёзную літаратурную творчасць Сяргей Балахонаў пачаў у 1992 годзе. Першыя публікацыі з’явіліся ў 1998 годзе ў самвыдаце “Сымболь” і адначасна ў газетах “Наша слова” і “Наша Ніва”. У 2001 годзе дэбютаваў на старонках часопіса “ARCHE” з апавяданнем “Смерць лютністы”, у анатацыі да якога аўтара ўпершыню звязваюць з постмадэрнісцкай плынню. У 2005 годзе выдаў першую кнігу — зборнік прозы “Імя грушы”. У тым жа годзе адбыўся замежны дэбют: чэшскі часопіс “Host” змясціў яго літаратуразнаўчы артыкул “Nĕkdo tam je, aneb Rozcestí nove bĕloruské literatury”. У 2008 годзе стаў пераможцам літаратурнага конкурсу Радыё Свабода з аповесцю альтэрнатыўнай фантастыкі “Пятля зацятасці”.
Перакладае з рускай і нямецкай моваў.